В соответствии со ст. 990 Гражданского кодекса РФ по договору комиссии одна сторона (комиссионер) обязуется по поручению другой стороны (комитента) за вознаграждение совершить одну или несколько сделок от своего имени, но за счет комитента.
Согласно части 1 статьи 996 ГК РФ вещи, поступившие к комиссионеру от комитента, являются собственностью последнего, т.е. перехода права собственности на лекарственные средства при передаче товара от поставщика комиссионеру не происходит.
Таким образом, в доходах комиссионера, применяющего упрощенную систему налогообложения (УСН) независимо от объекта налогообложения ("доходы" или "доходы минус расходы") учитываются только суммы его комиссионного вознаграждения.
Действительно,  в соответствии пп. 1 п. 1.1 ст. 346.15 НК РФ при определении объекта налогообложения не учитываются доходы, указанные в статье 251 НК РФ.
Согласно пп. 9 п. 1 ст. 251 при определении налоговой базы не учитываются, в том числе доходы в виде имущества (включая денежные средства), поступившего комиссионеру, агенту и (или) иному поверенному в связи с исполнением обязательств по договору комиссии, агентскому договору или другому аналогичному договору, а также в счет возмещения затрат, произведенных комиссионером, агентом и (или) иным поверенным за комитента, принципала и (или) иного доверителя, если такие затраты не подлежат включению в состав расходов комиссионера, агента и (или) иного поверенного в соответствии с условиями заключенных договоров. К указанным доходам не относится комиссионное, агентское или иное аналогичное вознаграждение.
Таким образом, аптека – комиссионер не учитывает в доходах...