Как указано в тексте вопроса аптека медицинской организации приобретает этиловый спирт только для собственных нужд и не использует его для изготовления лекарственных средств, следовательно,  аптека приобретает спиртосодержащие лекарственные препараты, а не фармацевтическую субстанцию этиловый спирт.
Отметим, что в понятийном аппарате Федерального закона от 22.11.1995 г. № 171-ФЗ «О государственном регулировании производства и оборота этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции и об ограничении потребления (распития) алкогольной продукции» (в ред. от 08.06.2020 г.) указано, что определение фармацевтической субстанции спирта этилового (этанол) дано в Федеральном законе от 12.04.2010 г. № 61-ФЗ «Об обращении лекарственных средств» (в ред. от 03.04.2020 г.), в соответствии с которым фармацевтическая субстанция - лекарственное средство в виде одного или нескольких обладающих фармакологической активностью действующих веществ вне зависимости от природы происхождения, которое предназначено для производства, изготовления лекарственных препаратов и определяет их эффективность.
«Правила учета объема производства, оборота и (или) использования...