В соответствии с пунктом 7 утвержденных Постановлением Правительства РФ от 29.10.2010 г. N 865 «Правил установления предельных размеров оптовых и предельных размеров розничных надбавок к фактическим отпускным ценам производителей на лекарственные препараты, включенные в перечень жизненно необходимых и важнейших
лекарственных препаратов, в субъектах Российской Федерации» (в ред. от 04.09.2015) формирование отпускной цены на лекарственный препарат организациями оптовой торговли и (или) аптечными организациями, индивидуальными предпринимателями и медицинскими организациями осуществляется исходя из фактической отпускной цены производителя на лекарственный препарат, не превышающей зарегистрированную цену, и оптовой и (или) розничной надбавок, размер которых не превышает соответственно предельный размер оптовой и (или) предельный размер розничной надбавки, установленные в субъекте Российской Федерации.
Таким образом, согласно федеральному законодательству предельные торговые надбавки на ЖНВЛП рассчитываются и применяются к фактической отпускной цене производителя без НДС, независимо от применяемой системы налогообложения.
Установленный Постановлением Государственного комитета Республики Башкортостан по тарифам от 21.04.2015 г. N 94 «Об установлении предельных размеров оптовых надбавок и предельных размеров розничных надбавок на лекарственные препараты, включенные в перечень жизненно необходимых и важнейших лекарственных препаратов, в Республике Башкортостан» порядок расчета оптовых и розничных отпускных цен на ЖНВЛП для организаций, применяющих упрощенную систему налогообложения или уплачивающие единый налог на вмененный доход (то есть ......