В соответствии с частью 6 статьи 55 Федерального закона РФ от 12.04.2010 г. N 61-ФЗ «Об обращении лекарственных средств» (в ред. от 29.11.2010 г.) аптечные организации, обязаны обеспечивать установленный уполномоченным федеральным органом исполнительной власти минимальный ассортимент лекарственных препаратов, необходимых для оказания медицинской помощи.
В соответствии с пунктом 35 статьи 4 указанного Закона аптечная организация - организация, структурное подразделение медицинской организации, осуществляющие розничную торговлю лекарственными препаратами, хранение, изготовление и отпуск лекарственных препаратов для медицинского применения в соответствии с требованиями данного Закона.
Следовательно, аптечной организацией может считаться исключительно организация розничной торговли лекарственными средствами.
Этот вывод косвенно подтверждается  Приказом Минздравсоцразвития РФ от 27.07.2010 г. N 553н «Об утверждении видов аптечных организаций», в котором аптеки медицинских организаций не указаны.
Утвержденный Приказом Минздрава РФ от 04.03.2003 г. N 80 Отраслевой стандарт «Правила отпуска (реализации) лекарственных средств в аптечных организациях. Основные положения» ОСТ 91500.05.0007-2003 (в ред. от 18.04.2007 г.) согласно пункту 1.2 Стандарта не распространяется на деятельность аптек лечебно-профилактических учреждений и межбольничных аптек.
Из анализа утвержденных Приказом Минздравсоцразвития ......