По видимому, в вопросе имеется в виду ситуация, когда вновь зарегистрированная цена производителя меньше чем фактическая  отпускная цена производителя, указанная в протоколе согласования цен.
В соответствии с пунктом 20 утвержденного Постановлением Правительства РФ от 9.11.2001 г. N 782 «Положения о государственном регулировании цен на жизненно необходимые и важнейшие лекарственные средства» (в ред. от 08.08.2009 г.) формирование отпускной цены на лекарственные средства аптечными учреждениями осуществляется исходя из фактической отпускной цены производителя, не превышающей зарегистрированную цену, и розничной надбавки, не превышающей предельную розничную надбавку, установленную в субъекте Российской Федерации.
Постановлением Правительства Самарской области от 17.02.2010 г. N 40 «Об установлении предельных оптовых и предельных розничных надбавок к фактическим отпускным ценам производителей на жизненно необходимые и важнейшие лекарственные средства на территории Самарской области» установлены предельные розничные надбавки к фактическим ценам производителей ЖНВЛС ......