Согласно п. 2 ст. 2 Федерального закона от 24.06.1998 г. N 89-ФЗ "Об отходах производства и потребления" (в ред. от 19.12.2022) отношения в области обращения с медицинскими отходами регулируются соответствующим законодательством Российской Федерации.
В соответствии с ч. 3 ст. 49 Федерального закона от 21.11.2011 г. N 323-ФЗ "Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации" (в ред. от 28.04.2023) медицинские отходы подлежат сбору, использованию, обезвреживанию, размещению, хранению, транспортировке, учету и утилизации в порядке, установленном законодательством в области обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения.
Медицинские отходы разделяются по степени их эпидемиологической, токсикологической, радиационной опасности, а также негативного воздействия на среду обитания в соответствии с критериями, устанавливаемыми Правительством Российской Федерации, на классы, где к классу «Г» относятся  токсикологические опасные отходы, приближенные по составу к промышленным (ч. 2 ст. 49 Закона № 323-ФЗ).
Оборот медицинских отходов урегулирован СанПиН 2.1.3684-21 "Санитарные правила и нормы "Санитарно-эпидемиологические требования к содержанию территорий городских и сельских поселений, к водным объектам, питьевой воде и питьевому водоснабжению населения, атмосферному воздуху, почвам, жилым помещениям, эксплуатации производственных, общественных помещений, организации и проведению санитарно-противоэпидемических (профилактических) мероприятий", утвержденными Постановлением Главного государственного санитарного врача РФ от 28.01.2021 г. N 3 (в ред. от 14.02.2022).
В п. 157 СанПиН 2.1.3684-21 разъясняется, что к классу «Г» относятся отходы, не подлежащие последующему использованию (токсикологически опасные отходы 1 - 4 классов опасности, далее - класс Г), в том числе: ртутьсодержащие предметы, приборы и оборудование; лекарственные (в том числе цитостатики), диагностические, дезинфекционные средства; отходы от эксплуатации оборудования, транспорта, систем освещения, а также другие токсикологически опасные отходы, образующиеся в процессе осуществления медицинской, фармацевтической деятельности, деятельности по производству лекарственных средств и медицинских изделий, при производстве, хранении биомедицинских клеточных продуктов, деятельности в области использования возбудителей инфекционных заболеваний и генно-инженерно-модифицированных организмов в медицинских целях.
Плательщиками платы за негативное воздействие на окружающую среду (НВОС) при размещении отходов, за исключением ТКО, являются юридические лица и индивидуальные предприниматели, при осуществлении которыми хозяйственной и (или) иной деятельности образовались отходы. Плательщиками платы за НВОС при размещении ТКО являются региональные операторы по обращению с ТКО, операторы по обращению с ТКО, осуществляющие деятельность по их размещению (ст. 16.1 Федерального закона от 10.01.2002 N 7-ФЗ "Об охране окружающей среды" (в ред. от 14.02.2022).
Как было указано выше, законодательство об отходах и об охране окружающей среды не распространяется на медицинские отходы, по причине того что,  обращение таких отходов регулируется законодательством в области обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения.
«Порядок представления декларации о плате за негативное воздействие на окружающую среду и ее формы и о признании утратившими силу приказов Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации от 9 января 2017 г. N 3 и от 30 декабря 2019 г. N 899" утвержден Приказом Минприроды России от 10.12.2020 г. N 1043 (в ред. от 21.09.2022)
В соответствии с п. 1 Порядка Декларации о плате за негативное воздействие на окружающую среду предоставляется  лицами, обязанными вносить плату в соответствии с пунктом 1 статьи 16.1 Закона № 7-ФЗ.
Таким образом, организация, указанная в тексте вопроса не должна вносить плату за негативное воздействие на окружающую среду и, соответственно, подавать декларацию.  
Отметим, что в Письме Минздрава России от 28.02.2023 N 30-5/И/7-3018 сообщается о разработке законопроекта, которым предлагается распространить действие Федерального закона N 89-ФЗ на отношения, связанные с транспортировкой, утилизацией, размещением и захоронением медицинских отходов классов "А" - "Г", прошедших обезвреживание в соответствии с законодательством в области обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения.
Приказом Росстата от 09.10.2020 г. N 627 утверждена «Форма федерального статистического наблюдения с указаниями по ее заполнению для организации Федеральной службой по надзору в сфере природопользования федерального статистического наблюдения за отходами производства и потребления" (ред. от 13.11.2020)
Эту Форму (№ 2-ТП)не предоставляют юридические лица и индивидуальные предприниматели, относящиеся к субъектам малого и среднего предпринимательства, у которых образуются только ТКО массой менее 0,1 тонны, заключившие договор с региональным оператором и не осуществляющие деятельность в области обращения с отходами производства...