Закрытый перечень отношений, которые не регулируются Федеральным законом РФ от 18.07.2011 г. N 223-ФЗ  «О закупках товаров, работ, услуг отдельными видами юридических лиц» (в ред. от 12.03.2014), приведен в части 4 статьи 1 Закона. Указанные в тексте вопроса отношения в данной норме Закона не перечислены, следовательно они подпадают под его действие.
В соответствии с нормами статьи 23 Федерального закона РФ от 14.11.2002 г. N 161-ФЗ «О государственных и муниципальных унитарных предприятиях» (в ред. от 04.11.2014) крупной сделкой является сделка или несколько взаимосвязанных сделок, связанных с приобретением, отчуждением или возможностью отчуждения унитарным предприятием прямо либо косвенно имущества, стоимость которого составляет более десяти процентов уставного фонда унитарного предприятия или более чем в 50 тысяч раз превышает установленный федеральным законом минимальный размер оплаты труда, если иное не установлено федеральными законами или принятыми в соответствии с ними правовыми актами. При этом стоимость отчуждаемого унитарным предприятием в результате крупной сделки имущества определяется на основании данных его бухгалтерского учета, а стоимость приобретаемого унитарным предприятием имущества - на основании цены предложения такого имущества.
Следовательно, если стоимость затрат на проведение капитального ремонта превышает хотя бы один из указанных выше критериев, то независимо от источника финансирования решение о совершении такой крупной сделки принимается с согласия собственника имущества унитарного предприятия в соответствии с частью 3 статьи 23 Закона «О государственных и муниципальных унитарных предприятиях».
Отметим, что если смета расходования прибыли, предусматривающая финансирование затрат на проведение капитального ремонта согласована собственником предприятия, дополнительное согласование собственником этих затрат как крупной сделки уже не требуется.