В соответствии с частью 1 статьи 39 Налогового кодекса РФ реализацией товаров, работ или услуг организацией или индивидуальным предпринимателем признается соответственно передача на возмездной основе (в том числе обмен товарами, работами или услугами) права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица, возмездное оказание услуг одним лицом другому лицу, а в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, передача права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица, оказание услуг одним лицом другому лицу - на безвозмездной основе.
В указанном в тексте вопроса случае передача товарных остатков другому юридическому лицу будет осуществляться с переходом права собственности на товар и, соответственно, будет признаваться реализацией товара.
Согласно части 1 статья 492 Гражданского кодекса РФ по договору розничной купли-продажи продавец, осуществляющий предпринимательскую деятельность по продаже товаров в розницу, обязуется передать покупателю товар, предназначенный для личного, семейного, домашнего или иного использования, не связанного с предпринимательской деятельностью.
Согласно пункту 35 статьи 4 Федерального закона РФ от 12.04.2010 г. N 61-ФЗ «Об обращении лекарственных средств» (в ред. от 12.03.2014) аптечная организация – это организация, осуществляющая розничную торговлю лекарственными препаратами, хранение, перевозку, изготовление и отпуск лекарственных препаратов ......