В соответствии с требованиями статьи 79 Трудового кодекса РФ  срочный трудовой договор прекращается с истечением срока его действия.
Частью 4 статьи 58 ТК РФ предусмотрено, что в случае, когда ни одна из сторон не потребовала расторжения срочного трудового договора в связи с истечением срока его действия и работник продолжает работу после истечения срока действия трудового договора, условие о срочном характере трудового договора утрачивает силу и трудовой договор считается заключенным на неопределенный срок.
Однако, в случае с руководителем организации, с которым в соответствии с учредительными документами, а также на основании решения учредителей о назначении его на должность заключается срочный трудовой договор (часть 2 статьи 59 ТК РФ), вышеназванное условие будет противоречить нормам статьи 275 ТК РФ,  которой установлено, что срок действия срочного трудового договора определяется учредительными документами организации или соглашением сторон.
Поэтому по истечении срока полномочий генерального директора трудовой договор прекращается.  Трудовой договор прекращается с внесением соответствующей записи в трудовую книжку работника. Оформление прекращения трудового договора производится в соответствии со статьей 84.1 ТК РФ. При увольнении (в т.ч. по пункту 2 части 1 статьи 77 ТК РФ) работнику выплачивается денежная компенсация за все неиспользованные отпуска в соответствии ......