Согласно пункту 12 статьи 2 Федерального закона РФ от 21.11.2011 г. N 323-ФЗ «Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации» (в ред. от 28.12.2013) в целях законодательства о здравоохранении индивидуальные предприниматели, осуществляющие фармацевтическую деятельность, приравниваются Законом к фармацевтическим организациям, т.е. никаких дискриминационных норм в отношении индивидуальных предпринимателей, осуществляющих фармацевтическую деятельность, по сравнению с фармацевтическими организациями Закон не допускает и, соответственно, не налагает никаких ограничений на количество аптечных пунктов, открываемых индивидуальным предпринимателем, осуществляющим фармацевтическую деятельность.
Любые ограничения, применяемые лицензирующими органами при лицензировании фармацевтической деятельности индивидуальных предпринимателей, по сравнению с аптечными организациями, за исключением требования к квалификации индивидуального предпринимателя, установленного пунктом 5 «к» указанного выше Положения о лицензировании, являются незаконными. Указанное в тексте вопроса мнение чиновников Росздравнадзора является надуманным и ни на чем не основано.  
В соответствии с подпунктом ......