В соответствии с понятийным аппаратом Федерального закона РФ от 12.04.2010 N 61-ФЗ «Об обращении лекарственных средств» (в ред. от 25.12.2012) аптечная организация это организация, осуществляющая розничную торговлю лекарственными препаратами, хранение, изготовление и отпуск лекарственных препаратов для медицинского применения в соответствии с требованиями данного Федерального закона (статья 4 пункт 35).
Согласно части 1 статьи 996 Гражданского  кодекса РФ вещи, поступившие к комиссионеру от комитента, являются собственностью последнего, т.е. перехода права собственности на лекарственные средства при передаче товара от поставщика комиссионеру не происходит. Следовательно, комитент теряет право собственности на товар непосредственно при продаже его комиссионером населению. Согласно части 1 статьи 39 Налогового кодекса РФ реализацией товаров организацией или индивидуальным предпринимателем признается передача на возмездной основе права собственности на товары.
Таким образом, при передаче товаров от комитента к комиссионеру реализации (и, соответственно, продажи) товаров не происходит, значит, формально, нет и собственно, торговли.
Следовательно, аптека-комиссионер не покупает лекарственные препараты у аптеки-комитента, а оказывает ей услугу по реализации товара населению, тогда как, аптека-комитент, фактически, осуществляет розничную торговлю лекарствами населению, пользуясь услугами аптеки-комиссионера и выплачивая ей при этом за данные услуги комиссионное вознаграждение.
Таким образом, с формально-юридической ......