В соответствии с понятийным аппаратом Федерального закона РФ от 12.04.2010 N 61-ФЗ «Об обращении лекарственных средств» (в ред. от 25.12.2012) аптечная организация это организация, осуществляющая розничную торговлю лекарственными препаратами, хранение, изготовление и отпуск лекарственных препаратов для медицинского применения в соответствии с требованиями данного Федерального закона (статья 4 пункт 35).
Согласно части 1 статьи 996 Гражданского  кодекса РФ вещи, поступившие к комиссионеру от комитента, являются собственностью последнего, т.е. перехода права собственности на лекарственные средства при передаче товара от поставщика комиссионеру не происходит. Следовательно, комитент теряет право собственности на товар непосредственно при продаже его комиссионером населению. Согласно части 1 статьи 39 Налогового кодекса РФ реализацией товаров организацией или индивидуальным предпринимателем признается передача на возмездной основе права собственности на товары.
Таким образом, при передаче товаров от комитента к комиссионеру реализации (и, соответственно, продажи) товаров не происходит, значит, формально, нет и собственно, торговли.
Следовательно, аптека-комиссионер не покупает лекарственные препараты у аптеки-комитента, а оказывает ей услугу по реализации товара населению, тогда как, аптека-комитент, фактически, осуществляет розничную торговлю лекарствами населению, пользуясь услугами аптеки-комиссионера и выплачивая ей при этом за данные услуги комиссионное вознаграждение.
Таким образом, с формально-юридической точки зрения аптека-комитент не нарушает требований действующего законодательства в сфере обращения лекарственных средств, т.е. в описанном в тексте вопроса случае, осуществляет розничную торговлю изготовленными ею лекарственными препаратами.
Что касается аптеки-комиссионера, то, формально, в явном виде право на комиссионную торговлю аптечной организации не прописано ни в Федеральном законе «Об обращении лекарственных средств», ни в утвержденном Приказом Минздрава РФ от 04.03.2003 N 80 Отраслевом стандарте «Правила отпуска (реализации) лекарственных средств в аптечных организациях. Основные положения» ОСТ 91500.05.0007-2003 (в ред. от 18.04.2007), однако, по сложившейся практике, аптечные организации на регулярной основе в течение многих лет осуществляют отпуск лекарственных средств по договорам комиссии с организациями оптовой торговли и никаких претензий по этому поводу контрольно-надзорные органы к ним не предъявляют. Нам представляется, что и в описанном в тексте вопроса случае услуга аптеки-комиссионера полностью аналогична такой же услуге, оказываемой аптеками организациям оптовой торговли. Следовательно, претензий к такой схеме работы у проверяющих возникнуть не должно.