В соответствии с пунктами 3 и 6 статьи 53 Федерального закона РФ от 12.04.2010 г. N 61-ФЗ «Об обращении лекарственных средств» (в ред. от 03.07.2016) организации оптовой торговли лекарственными средствами могут осуществлять продажу лекарственных средств или передавать их в установленном законодательством Российской Федерации порядке медицинским организациям. При этом Закон не регламентирует цели продажи или передачи лекарственных медицинским организациям, то есть, фактически, не запрещает медицинским организациям, имеющим в своем составе фельдшерские акушерские пункты дальнейшую перепродажу лекарственных средств при наличии лицензии на фармацевтическую деятельность.
Таким образом, закупка больницей лекарственных средств у оптовых поставщиков для дальнейшей перепродажи через ФАПы полностью соответствует действующему законодательству об обращении лекарственных средств.
Что касается закупки лекарств для таких целей у аптечных организаций, то прямая закупка по договору купли-продажи однозначно должна трактоваться как оптовая торговля лекарственными средствами, что для аптечной организации является серьезным нарушением лицензионного законодательства с соответствующими санкциями.
При заключении с аптечной организацией договора комиссии следует отметить следующее.  
Согласно нормам статьи 990 Гражданского кодекса РФ по договору комиссии одна сторона (комиссионер) обязуется по поручению другой стороны (комитента) за вознаграждение совершить одну или несколько сделок от своего имени, но за счет комитента. При этом по сделке, совершенной комиссионером с третьим лицом, приобретает права и становится обязанным комиссионер, хотя бы комитент и был назван в сделке или вступил с третьим лицом в непосредственные отношения по исполнению сделки.
Таким образом, из указанного выше законодательного определения договора комиссии следует, что в рассматриваемом случае собственно передачу лекарственных средств населению осуществляет медицинская организация через свой фельдшерско-акушерский пункт.
При этом квалификация передачи товара комитентом комиссионеру в качестве оптовой или розничной торговли является не однозначной.
В связи с этим необходимо отметить следующее. Согласно части 1 статьи 996 ГК РФ вещи, поступившие к комиссионеру от комитета являются собственностью последнего, т.е. перехода права собственности на лекарственные средства при передаче товара из аптеки в ФАП не происходит. Следовательно, аптека как комитент теряет право собственности на товар непосредственно при продаже его комиссионером (ФАПом) населению.
Согласно части 1 статьи 39 Налогового кодекса РФ реализацией товаров организацией или индивидуальным предпринимателем признается передача на возмездной основе права собственности на товары.
Следовательно, при передаче товаров от аптечной организации к ФАПу реализации товаров не происходит, т.е. нет и, собственно, торговли. Медицинская организация через ФАП ......